Biodegvielas ražošanas un patēriņa „dzīves cikla” pamatā ir potenciālais oglekļa negatīvs; oglekļa dioksīds, kas izdalās biodegvielas sadedzināšanas procesā, kas tiek uzņemts no atmosfēras biodegvielas augiem attīstoties un augot. Tomēr, audzējot augus, nepieciešams fosilās enerģijas ieguldījums gan kā mēslošanas līdzekļi, gan augsnes apstrādei un kultivācijai. Tādēļ patiesais biodegvielas „dzīves cikla” izdalītā oglekļa dioksīda apjoms lielā mērā ir atkarīgs no ražas, pārstrādei patērētās enerģijas, kā arī blakusproduktu pārstrādes un izmantošanas.
Biodīzeļa izmantošanas lietderības pētījumi pierādījuši, ka siltumnīcas efekta pastiprinošu gāzu emisija var tik samazināta par 40-60%, izmantojot rapšu sēklas. Visefektīvākās tehnoloģijas ļauj samazināt gāzu emisiju pat par 90%. Izmantojot pašreizējās pārstrādes metodes, bioetanola izmantošanas lietderības pētījumi pierādījuši, ka siltumnīcas efektu pastiprinošu gāzu emisija var tik samazināta par 20-40%, pārstrādājot graudus, un par 40 – 55%, pārstrādājot cukurus saturošas izejvielas (cukurbietes). Brazīlijā, kur tiek izmantotas cukurniedres kā izejvielas bioetanola ražošanai, gāzu emisija ir samazināta par 80-90%. Biometāna izmantošanas gadījumā, transporta līdzekļu ogļskābās gāzes emisija ir par aptuveni 20% zemāka kā izmantojot benzīnu un par 5% zemāka kā izmantojot dīzeļdegvielu. Tomēr, patiesais ieguvums no biometāna izmantošanas ir redzams, ja to aplūko no tā aprites viedokļa: pirmkārt, tā ir atjaunojamā degviela; otrkārt, organisko atkritumu pārstrāde metāna ražošanai, novērš metāna izdalīšanos atmosfērā, kas notiek organiskajiem atkritumiem dabiski sadaloties. Kombinējot šos divus efektus, metāna emisija atmosfērā var tikt samazināta pat par 100%.